일본 국토교통성은 자국 컨테이너 항만의 국제경쟁력 강화를 위해 2002년 발표한 수퍼 중추항만 프로젝트에 이어 2005년 이용률이 낮은 소규모 지방항만들의 통합계획을 내놓는 등 항만산업 재편 작업에 착수하였음
일본은 우선 게이힌 항, 이세만, 한신항 3개 지역을 2005년 7월 4일 '지정특정중요항만'으로 법제화하고, 하역시설 등에 대한 무이자 대출과 안벽등 공공 시설에 대한 장기대출제도 등의 지원과 함께 공동창고 정비, 24시간 운영시설에 대한 보조금제도를 신설하였음
일본이 추진하고 있는 이 정책은 전국 128개 중요 항만 가운데, 특정중요항만 23개항을 제외한 105개 항만을 대상으로 '고도이용추진항만'과 '이용촉진추진항만'으로 구분, 선별적으로 투자하고, 888개 지방항만을 통합하는 것을 핵심으로 하고 있음
이와 함께 일본은 항만행정의 효율화를 도모하기 위해 해사국과 항만국에서 이루어지던 업무를 항만국에서 통합 처리하고, '항만경제과'를 신설하여 항만 행정의 일원화를 추진하는 등 국가적으로 항만 정책을 강화하고 있음